故事发生在1999年，那个不详的世纪之末。坐落在深山之中，由于不断的发生灵异事件而被称为“超自然学院”的私立学校里，迎来了它年轻强势的新一任校长——神代玛雅（日笠阳子 配音）。绝对不相信有超自然力量存在的玛雅，此行便是为了调查父亲里奇的死因而来，这样的她，遇见了一位名叫内田文明（水岛大宙 配音）的神秘男子，刚刚登场的内田，便说出了让玛雅吃惊的话语，他居然来自未来的2012年！这个形迹可疑的男子的话能够相信吗？2012年的世界是怎样的景象？一连串意外让玛雅逐渐相信了内田的说辞，而内田究竟为何而回到过去，这原因也渐渐的浮出了水面。
观看《世纪末超自然学院》这部动漫，犹如踏入一个充满谜团与奇幻色彩的时空漩涡。故事以穿越时空的爱情与超自然之谜为核心，构建出一个独特而引人入胜的世界。女主角神代玛雅作为超自然学院新任院长的女儿，对超自然现象抱有深深的抵触情绪。然而，命运弄人，在她接任院长的第一天，便遭遇了从天而降的神秘男子内田文明。这一戏剧性的开场，不仅为后续剧情埋下了伏笔，也勾起了观众强烈的好奇心。
在角色塑造上，该片可谓独具匠心。神代玛雅从最初的反感抗拒，到逐渐卷入超自然事件中心，其内心的挣扎与成长刻画得细腻入微；内田文明则以其神秘的身份和冷静沉稳的性格，成为推动剧情发展的关键力量。两人之间的互动充满了化学反应，无论是争执还是合作，都让人感受到一种别样的情感张力。配角们同样精彩纷呈，他们各自怀揣着秘密与目的，共同编织出一张错综复杂的关系网。
叙事结构方面，《世纪末超自然学院》采用了多线并进的方式，将过去、现在与未来巧妙交织在一起。随着剧情的深入，一个个悬念被揭开，原本看似零散的事件逐渐串联成一个完整而宏大的故事框架。这种非线性的叙述方式虽然增加了观影难度，但同时也赋予了作品更高的艺术价值，让每一位认真观看的观众都能获得满满的成就感。
主题表达上，影片不仅仅是一部简单的科幻爱情片，更深层次地探讨了命运的选择与人性的光辉。通过一系列超自然事件，展现了人物面对困境时的抉择与成长，传递出珍惜当下、勇敢前行的人生态度。同时，作品中对于时间旅行所带来的伦理问题也进行了深刻反思，引发观众对于生命意义和个人价值的重新审视。